取り急ぎの覚え書きです。
WordPressのテンプレートで、jQueryをgoogleから読み込んでいるものがあるのですが、Google Analytics Dashboard for WPを5.0.1にアップデートしたら、このプラグインがhead内で新たにWordPress内のjQueryを読み込むようになっていました。
二重にjQueryが読み込まれることになり、jQueryで動かしていたものが停止してしまいました。
解決方法ですが、Google Analytics Dashboard for WPの設定「トラッキング」内の「イベントトラッキング」タブの中の「track downloads, mailto, telephone and outbound links」をオフにすると、head内でjQueryを読み込まなくなります。
アップデートした時に何らかの原因でオンになってしまったようですが、他に管理しているサイトではそのような事は起きず、謎が残ります。